Центр алгоритмической биотехнологии Санкт-Петербургского государственного университета (СПбГУ) создал модуль, позволяющий расшифровывать геномы коронавирусов, сообщает пресс-служба вуза.
"Новая разработка Центра алгоритмической биотехнологии СПбГУ, получившая название coronaSPAdes, позволяет собирать геномы РНК-вирусов, и в первую очередь коронавирусов. По предварительным данным, с ее помощью уже удалось восстановить последовательности геномов ранее неизвестных коронавирусов", - говорится в сообщении.
Модуль coronaSPAdes - это специальный режим сборщика SPAdes (Saint Petersburg Assembler), который позволяет производить расшифровку геномов живых организмов, в том числе и вирусов.
Как отмечает СПбГУ, модуль coronaSPAdes учитывает особенности данных секвенирования РНК, а также реализует уникальные алгоритмические решения, нацеленные на улучшение восстановления последовательности генома коронавирусов. Подходы, заложенные в coronaSPAdes, могут быть использованы в дальнейшем для разработки новых сборщиков, использующих информацию о структуре иных типов геномов.
Разработка первой версии этого модуля заняла около двух недель, и сейчас его создатели занимаются усовершенствованием сборщика. По их оценке, модуль coronaSPAdes позволяет восстанавливать геномы коронавирусов "гораздо эффективнее и качественнее, чем альтернативные подходы".
"Например, из некоторых наборов данных были собраны полноразмерные геномы, по предварительным данным, ранее неизвестных коронавирусов", - информирует университет.
Ранее американские ученые выявили шесть основных групп SARS-СoV-2, в настоящий момент циркулирующих в мире. Исследователи разработали алгоритм, позволяющий быстро выделить последовательности геномов, и использовали его для изучения более 10 тысяч образцов SARS-СoV-2 из разных регионов мира.