При Совете созданы и функционируют на постоянной основе для подготовки проектов документов по различным направлениям системы охраны здоровья и санитарно-эпидемиологического благополучия населения государств – участников СНГ 12 рабочих органов.
§ Координационный совет государств - участников СНГ по проблемам медицины катастроф
§ Координационный совет по проблемам ВИЧ-инфекции государств - участников СНГ
§ Координационный совет по проблемам нормативной базы здравоохранения государств - участников СНГ
§ Координационный совет по малярии государств - участников СНГ
§ Координационный совет служб крови государств - участников СНГ
§ Координационный совет государств - участников СНГ по проблемам онкологии и медицинской радиологии