По Положению из числа членов Совета избирается Председатель сроком на два года. Под его председательством проходят заседания Совета, которые проводятся по мере необходимости, но не реже 2-х раз в год.
Постоянно действующим рабочим аппаратом Совета является дирекция Производственно-научной семеноводческой ассоциации (Ассоциация “Семена”). Президент Ассоциации “Семена” является членом Совета и заместителем Председателя.
Совет является юридическим лицом.
В настоящее время в состав Совета входят первые заместители и заместители руководителей агропромышленных комплексов и другие ответственные работники государств Содружества (кроме Грузии и Туркменистана). В работе Совета принимают участие представители Болгарии, Венгрии, Чехии и Хорватии. При Совете функционируют комиссии по различным направлениям селекции и семеноводства сельскохозяйственных культур (всего 17 комиссий). Комиссии возглавляют руководители научно-исследовательских учреждений государств Содружества, работающие в области селекции и семеноводства.
Совет осуществляет деловые контакты с международными организациями: ТАСИС, ФАО, ГНИС, Американская семеноводческая ассоциация и др.
Основными задачами и функциями Совета являются:
координация совместной деятельности в области селекции, сортоиспытания, семеноводства и межгосударственных поставок сортовых и гибридных семян и посадочного материала плодово–ягодных культур;
разработка и реализация современной концепции, обеспечивающей сохранение и дальнейшее развитие межгосударственной специализации производства и поставок сортовых и гибридных семян и посадочного материала;
работа по сближению законодательств государств Содружества в области семеноводства и питомниководства;
Основные документы, подготовленные Советом с участием Исполкома СНГ, следующие:
Положение о Межправительственном координационном совете по вопросам семеноводства СНГ (утверждено Советом глав правительств СНГ);
Разработан и представлен в Исполнительный комитет СНГ инвестиционный проект “Информационно-аналитическая система управления семеноводством государств – участников СНГ” (2002 год).
В настоящее время Совет разрабатывает концепцию программы “Семена и посадочный материал: селекция и семеноводство”.