Для организации выполнения задач, возложенных на Совет командующих Пограничными войсками (СКПВ), в том числе для координации взаимодействия пограничных ведомств государств – участников Содружества, 9 октября 1992 года была создана Координационная служба СКПВ (КС СКПВ). Соответствующее Соглашение было подписано на заседании Совета глав правительств СНГ в г. Бишкеке.
У истоков создания КС СКПВ стояли заслуженные пограничники. Первым Председателем Координационной службы стал генерал-лейтенант И.М. Коробейников (октябрь 1992 г. – январь 1996 г.), назначенный с должности начальника Главного штаба – первого заместителя Председателя Комитета по охране государственной границы СССР.
В последующем Координационную службу возглавляли вице-адмирал П.К. Мигачёв (январь 1996 г. – ноябрь 1998 г.), генерал-полковник В.Ф. Грицан (ноябрь 1998 г. – ноябрь 2005 г.). С ноября 2005 года Председателем Координационной службы является генерал-полковник Манилов Александр Леонидович.
Деятельность Координационной службы регламентируется Положением, утвержденным Решением Совета глав государств СНГ от 14 ноября 2008 года, и направлена на развитие разнопланового сотрудничества пограничных ведомств государств – участников СНГ.
Одним из ведущих подразделений КС СКПВ является отдел международно-договорного сотрудничества по пограничным вопросам, обеспечивающий сотрудничество пограничных ведомств, в том числе в научно-исследовательской и образовательной сферах, в области культуры, спорта и ветеранской работы.
В числе первых структур, созданных в составе Координационной службы, стал информационно-аналитический отдел, на который возложено выполнение задач по развитию информационного сотрудничества между пограничными ведомствами государств – участников СНГ и формированию единого информационного пространства.
Отдел координации оперативной деятельности и правового обеспечения КС СКПВ отвечает за направление по организации проведения совместных специальных пограничных операций, рабочих встреч, сборов и семинаров руководителей и экспертов оперативно-разыскных подразделений государств – участников СНГ.
Значительный объем работы исполняется отделом координации военно-технического сотрудничества и обеспечения деятельности КС СКПВ, основные усилия которого сосредоточены на практическом выполнении задач в сфере координации военно-технического сотрудничества пограничных ведомств государств – участников СНГ, а также организации материально-технического обеспечения деятельности Координационной службы.
Сегодня Координационная служба продолжает выполнять поставленные перед ней задачи по обеспечению деятельности Совета командующих Пограничными войсками. С этой целью совершенствуются основы реализации согласованной пограничной политики государств – участников СНГ, обеспечивается поддержание стабильного положения на внешних границах Содружества.
С 30-летним юбилеем со дня образования Координационную службу поздравил Председатель Исполнительного комитета – Исполнительный секретарь СНГ Лебедев Сергей Николаевич. За личный вклад в укрепление сотрудничества пограничных ведомств государств – участников СНГ и в связи с 30-летием со дня образования Координационной службы СКПВ ряд сотрудников КС СКПВ награжден Грамотой Исполнительного комитета Содружества Независимых Государств и благодарностью Председателя Исполнительного комитета – Исполнительного секретаря СНГ.