Проект инициирован в 2010 году как ключевой в рамках Года историко-культурного наследия в Содружестве Независимых Государств на втором Координационном совещании руководителей органов отраслевого сотрудничества гуманитарной сферы в Минске. Инициативу о подготовке и реализации Межгосударственной программы «Культурные столицы Содружества» внесли Совет по гуманитарному сотрудничеству государств – участников СНГ и Межгосударственный фонд гуманитарного сотрудничества государств – участников СНГ. На XXV заседании Совета по культурному сотрудничеству государств – участников СНГ 4 октября 2010 года в городе Москве было поддержано данное предложение и одобрен в целом проект Концепции Программы.
5 декабря 2012 года в городе Ашхабаде Советом глав государств СНГ утверждено Положение о Межгосударственной программе «Культурные столицы Содружества».
Программа предполагает ежегодную концентрацию творческих ресурсов стран Содружества в нестоличных городах государств – участников СНГ, получивших статус «Культурная столица Содружества», и создание яркой, богатой и разнообразной палитры культурных и гуманитарных мероприятий, основанных на прочных исторически сложившихся культурных связях и продолжающемся в наши дни диалоге между самобытными культурами суверенных государств. Программа призвана раскрыть потенциал городов, привлекая внимание к их богатому наследию.
Культурные столицы Содружества – проект, который служит мостом в будущее. За эти годы 23 города с богатым прошлым и самобытной культурой удостоились звания «Культурная столица Содружества».
Первые сертификаты культурных столиц Содружества Независимых Государств были вручены белорусскому Гомелю и российскому Ульяновску.
В 2012 году по Решению Совета глав государств СНГ от 20 декабря 2011 года Культурными столицами Содружества были объявлены города Астана (Казахстан) и Мары (Туркменистан).
В 2013 году Астана и Мары передали эстафету городам Габала (Азербайджан), Гюмри (Армения) и Могилев (Беларусь), которые были определены Культурными столицами Содружества Решением Совета глав государств СНГ от 5 декабря 2012 года.
Решением Совета глав государств СНГ от 25 октября 2013 года статус Культурных столиц Содружества 2014 года получили города Алматы (Казахстан) и Ош (Кыргызстан).
10 октября 2014 года Решением Совета глав государств СНГ Культурными столицами Содружества 2015 года определены российский Воронеж и таджикский Куляб.
16 октября 2015 года Совет глав государств СНГ решил реализовать Межгосударственную программу «Культурные столицы Содружества» в Туркменистане, объявив город Дашогуз Культурной столицей Содружества в 2016 году.
В рамках Межгосударственной программы «Культурные столицы Содружества» Решением Совета глав государств СНГ от 16 октября 2016 года в 2017 году данный статус присвоен азербайджанскому городу Гянджа.
В соответствии с Решением Совета глав государств СНГ от 11 октября 2017 года Программа реализована в 2018 году в Армении (город Горис), в 2019 году – в Беларуси (город Брест), в 2020 году – в Казахстане (город Шымкент).
Решением Совета глав государств СНГ от 28 сентября 2018 года город Душанбе объявлен Культурной столицей Содружества в 2021 году.
В 2022 году по Решению Совета глав государств СНГ от 18 декабря 2020 года Межгосударственная программа «Культурные столицы Содружества» реализована в Кыргызстане (город Каракол).
В 2023 году по Решению Совета глав государств СНГ от 14 октября 2022 года Программа реализована в Санкт-Петербурге (Россия).
В 2024 году Решением Совета глав государств СНГ от 13 октября 2023 года Культурной столицей Содружества объявлен город Самарканд (Узбекистан).
Решением Совета глав государств СНГ от 7 октября 2024 года Культурной столицей Содружества в 2025 году объявлен город Лачин (Азербайджан), в 2026 году – город Мегри (Армения), в 2027 году – город Молодечно (Беларусь)».
Межгосударственная программа «Культурные столицы Содружества» относится к числу значимых проектов СНГ в области культуры и за эти годы зарекомендовала себя как действенный инструмент укрепления сотрудничества на пространстве СНГ в гуманитарной сфере.