Главами правительств Республики Армения, Республики Беларусь, Республики Казахстан, Кыргызской Республики, Российской Федерации, Республики Таджикистан, Туркменистана, Республики Узбекистан и Украины 26 июня 1992 года подписано Соглашение о сотрудничестве в области охраны здоровья населения, в соответствии с которым создан Совет по сотрудничеству в области здравоохранения Содружества Независимых Государств.
Членами Совета являются министры здравоохранения и главные государственные санитарные врачи государств – участников СНГ. Азербайджанская Республика не является участницей Соглашения, но ее представители принимают активное участие в деятельности Совета и его рабочих органов.
Функции рабочего аппарата Совета выполняет Исполнительный комитет СНГ.
Для подготовки проектов документов при Совете на постоянной основе функционируют 5 рабочих органов:
Координационный совет по проблемам ВИЧ/СПИД, туберкулеза и малярии государств - участников СНГ
Координационный совет государств - участников СНГ по вопросам организации медицинской профилактики и развития здравоохранения
Высшими органами Содружества Независимых Государств по инициативе Совета принято 14 межгосударственных соглашений и решений по вопросам сотрудничества в области здравоохранения.
Совет поддерживает отношения с Всемирной организацией здравоохранения (ВОЗ), Объединенной программой ООН по ВИЧ/СПИД (ЮНЭЙДС), Всемирной ассамблеей здравоохранения, ЮНИСЕФ (детский Фонд Организации Объединенных Наций).